Отношение Русской Православной Церкви к внецерковным религиозным исканиям уже с момента принятия православия в качестве государственной религии на Руси не отличалось особой приверженностью принципам свободы совести и толерантности. Располагая лишь двумя видами наказания: отлучение от церкви для мирян и извержение из сана для духовенства, Церковь всегда опиралась на силу государственного аппарата. Законодательные акты санкционировали применение к религиозным преступникам двойного наказания: со стороны княжеской, светской и со стороны епископской, церковной власти.
В связи с быстрым распространением расколо-сектантства с середины ХIХ века меры государственного воздействия на сектантов и раскольников ужесточаются. Вместе с тем, как светская, так и духовная власть приходят к выводу о недостаточности только репрессивных мер. Православная церковь переходит к созданию миссионерской службы с целью воздействовать на сознание раскольников и сектантов путем убеждения.
Очевидно, что за оставшиеся до социалистической революции годы, поставленные перед православной миссией задачи, так и не были решены. В период существования советской власти межрелигиозное напряжение было ослаблено благодаря государственному ограничению деятельности всех религиозных организаций. В результате, в конце ХХ века, когда в стране была восстановлена религиозная свобода, Русская Православная Церковь столкнулась во многом с теми же проблемами, что стояли перед ней в начале столетия.
Если в конце 80-х – начале 90-х Православная церковь рассматривала появление множества религиозных течений в России как знак демократизации общества, то с ростом деструктивных проявлений религиозных новообразований, а так же по мере укрепления позиции Церкви в государстве ее отношение начинает меняться. Архиерейский Собор 1994 года засвидетельствовал несовместимость новых религиозных движений с православием и констатировал отпадение их последователей от Православной Церкви. Таким образом, в отношении к новым религиозным организациям современная позиция Русской Православной Церкви в целом мало чем отличается от восприятия ею расколо-сектантства в Российской Империи.
В условиях возросшей конкуренции на рынке религиозных идей Церкви приходится практически заново восстанавливать миссионерскую службу для противодействия активной миссионерской деятельности как традиционных, так и новых религиозных движений. Используя различные средства для противодействия новым религиозным движениям, отдельные группы в Русской Православной Церкви стремятся усилить влияние Церкви в обществе и заручиться поддержкой государства.
Недостаточное внимание со стороны государства к деструктивной деятельности религиозных организаций, а также неподготовленность Русской Православной Церкви к деятельности в условиях идейного плюрализма объективно подталкивают ее к поискам быстрых и эффективных средств защиты от конкурентов в лице новых религиозных движений. С одной стороны, предпринимаются усилия для получения государственных привилегий и ограничения деятельности религиозных новообразований на государственном уровне. С другой – ведется активная критика вероучения и деятельности всех новых религиозных движений. В деле противостояния религиозным новообразованиям Православная церковь идет на сотрудничество с инославными деноминациями.
Однако следует отметить, что среди православного духовенства можно встретить сторонников и другого подхода к новым религиозным движениям, которые считают неоправданным рассматривать новые религиозные движения как некий единый целостный феномен, тем более распространять обвинения, предъявляемые к одной из групп, на другие.
Таким образом, современная позиция русской православной церкви в межконфессиональных отношениях ориентирована в целом, с одной стороны, на конструктивный диалог с традиционными религиями в рамках межрелигиозных советов, с другой, на всяческое вытеснение новых религиозных движений с духовного пространства России.