История литовского иезуитства снова начинается только в 1919 году, с посвящением первого брата из Литвы. В 1930 году возрождена Литовская Провинция ордена (в 1941 году она насчитывает 87 человек). В 1949-1956 годах в Литве не остается ни одного иезуита (все оказываются в лагерях), активная деятельность ведется среди литовской эмиграции. Возрождение религиозной жизни наступает в 1989 году, когда ордену возвращается три храма (в Вильнюсе, Каунасе и Шауляй), в которых иезуиты служат и поныне.
В 1812 году армия Наполеона основательно попортила интерьер храма – алтари, скамьи, картины и исповедальни были сожжены, а само здание превращено в склад зерна. В 1814 году храм был передан миссионерам, которые его обновили. После восстания 1831 года храм был у католической церкви конфискован и закрыт, а в 1836 году передан в ведение церкви православной (окончательно переделана в церковь в 1840 году). После второго литовско-польского восстания, в 1864-1868 годах, по проекту архитектора Чагина, была проведена реконструкция здания – заложен новый (в основном каменный) иконостас, убраны барочные скульптуры и статуи, снесены хоры, понижены башни, снесена ограда и установлены традиционно православные луковичные купола. Обновленный храм был освящен со имя св. Николая Чудотворца и стал кафедральным собором Виленской епархии (в 1867 году храм посетил император Александр II). С 1915 года, после того, как город заняли немецкие войска, в храме проводились лютеранские богослужения для немецкого гарнизона. В 1917 году, по ходатайству немецкого католического капеллана, храм был передан католической церкви, а через два года архиепископ Юргис Матулайтис вернул храм иезуитам. В марте 1919 года верующие три дня охраняли храм и священника Мукермана, которого хотели арестовать большевики (после трех дней противостояния ксендза все же арестовали и вывезли). В 1922 году в храме обосновались польские иезуиты, которые три года (до 1925) реставрировали храм и возвращали ему католический вид. В 1942 году центральный луковичный купол был вновь заменен на "корону Ягеллонов", а малые были сняты.
После войны польских иезуитов вытеснили иезуиты литовские, но уже в 1949 году храм у них был конфискован, закрыт и отдан под склады. После двух реставраций (1955-57 и 1965-66) в 1966 году в здании костела был открыт Музей атеизма. Уже во времена перестройки, в октябре 1988 года, храм был возвращен верующим и началась его реставрация. В 1990 году в него вернулись иезуиты. 3 марта 1991 года костел был заново освящен архиепископом Степонавичусом.
Первым настоятелем храма был назначен о. Йонас Борута (который ныне является епископом Тяльшайской епархии), в 1995 году на этом посту его сменил о. Лионгинас Вирбалас, прослуживший настоятелем десять лет, а в августе 2005 года настоятелем назначен и ныне служащий о. Альгис Банюлис. Алтарные образы в костеле были созданы художником Антанасом Кмеляускасом (в 1993 году были освящены четыре картины, еще две – в 2004 году, на 400-ый юбилей церкви). В 2003 году был смонтирован орган фирмы "Oberlinger".
Для окормления гимназистов назначен отдельный священник (которой в помещении гимназии, находящемся рядом с храмом, проводит специальные службы для учеников, а по воскресениям служится специальная месса для молодежи, в которой участвует и значительное число негимназистов (существует даже два хора – гимназический и просто молодежный – которые попеременно поют на молодежных мессах). Таким образом выдержана иезуитская традиция работы с образованием, начатая с основания Виленского университета. И ныне иезуиты опекают принадлежащий Вильнюсскому университету костел святых Иоанна крестителя и Иоанна апостола и евангелиста (обычно называемая костелом святых Иоаннов).
Костел этот был основан в 1387 году (постройка готического здания закончилось в 1426 году) как первая приходская церковь города, в 1571 году была передана иезуитам (из-за вхожденгия в состав ансамбля Университета), в 1600-1610 пристроена барочная колокольня, частично церковь была обрушена в 1655 году, во время войны с Москвой, и окончательно сгорела в 1737 году. При восстановлении здание приобрело черты позднего барокко. Из-за смены настоятеля прекращены проповеди на литовском языке. В 1773 году, в связи с запретом ордена иезуитов храм был передан исключительно Университету, а после его закрытия в 1831 году стал приходским.
Костел был закрыт уже в 1948 году советской властью и превращен в бумагохранилище, в 1963 году передан он университету, который после ремонта здания, в 1974 разместил там Музей науки. В 1989 храм вернули верующим, и освятили 11 июля 1991 года.
Иезуиты, многие из которых имели опыт ведения мессы на русском благодаря работе в России, решили этого навыка не терять и дать возможность желающим посещать близкую им мессу. В начале русская месса долгое время служилась приблизительно раз в месяц, в восемь часов утра, и посещаемость ее была совсем невелика – от двух до пяти человек. Только в середине девяностых посещаемость русского богослужения стала увеличиваться, верующие стали собираться на послеслужебные чаепития, начался процесс создания более тесной общины. В 1997 году, когда община уже сформировалась, настоятель храма Лёнгинас Вирбалас предложил служить русскую мессу уже каждую неделю, и перенести ее на час позже. Теперь воскресные мессы обычно посещают порядка пятидесяти человек, костяк же общины, который остается после мессы на чаепитие и общение человек 15-20.
Сама община скорее русскоязычная нежели русская, т.к. чисто русских людей в ней всего несколько человек, большинство это выходцы из смешанных семей, некоторые параллельно посещают и некатолические богослужения. Община поддерживает контакты с белорусской латинской и украинской греко-католической общинами, и на день св. Кирилла и Мефодия в костеле св. Казимира даже устраивалось общее праздничное богослужение с чтением евангелия на трех языках. Приход пытается поддерживать отношения и с латвийскими русскоязычными русскими общинами. Уже год как на русском языке проходят Духовные Упражнения св. Игнатия Лойолы, которые проводит сестра Людмила SJE (сестры Служительницы Иисуса в Евхаристии), идет подготовка детей к Первому Причастию (проводит сестра София SJE).
Таким образом, можно говорить о том, что иезуиты в Литве были, есть и остаются важной религиозной, общественной и политической силой, влияющей на судьбы христианства в стране.
