1 июня 2006 исполнилось 5 лет противостоянию вокруг Мемориальной синагоги на Поклонной Горе. К сожалению образовавшиеся "снизу" районные еврейские общины "Фили", "Давыдково" и "Кунцево" не смогли договориться с администрацией синагоги-музея, и руководством Российского еврейского конгресса, которому принадлежит здание синагоги, о нормальном допуске молящихся в синагогу, раввином которой считается председатель КЕРООР Зиновий Коган, принадлежащий к современному иудаизму. Последнее вызывает недоумение у ортодоксальных евреев, полагающих, что среди погибших во Время второй мировой войны на территории бывшего СССР последователи современного иудаизма отсутствовали, либо составляли незначительное меньшинство. Кроме того, для ортодоксальных евреев неприемлема сама мысль о совместной молитве с представителями современного иудаизма.
Со своей стороны, администрация музея опасается, что в случае прихода туда представителей ортодоксальных общин работа единственного в России музея еврейской истории и Холокоста будет парализована.
В результате верующие до сих пор молятся на частных квартирах, либо на открытом воздухе (за исключением некоторых праздников, когда их все же пускают на молитву в синагогу), поскольку разрешения на постройку второй синагоги префектура Западного округа не дает, мотивируя это отсутствием свободных земельных участков. Сложилась странная и парадоксальная ситуация – через 15 лет после упразднения Совета по делам религии в Москве де-факто действует подпольная синагога, никак не могущая выбраться из этого подполья .