В интервью на сайте "Патриархия.ru"
митрополит Корнилий прокомментировал историю с Константинопольским патриархатом: "Все значительно печальнее это проблема политическая, потому что политические силы того времени не хотели, скажем, связи с Россией. Если бы наш Святейший Патриарх остался бы митрополитом Эстонским, этого конфликта не произошло. Он сумел бы выйти из конфликта, а получилось сложнее. Когда выбрали Патриарха из Эстонии, мы все были этим горды, но националистические силы Эстонии понимали иначе: "это рука России в Эстонии". Президент Эстонии Леннарт Мери, уже умерший, просил Константинопольского Патриарха "принять нас", хотя Церковь отделена от государства. Я же был назначен не правящим архиереем, а Патриаршим викарием, что испортило дело: опять "рука России".
К нам очень враждебно относились, и параллельно нашему Епархиальному собранию устроили свое, использовав, так называемый "Синод Эстонской православной церкви в изгнании", подчинявшийся до войны Константинополю. Он находился в Стокгольме, куда попали в эмиграцию эстонские священники, отступавшие с немцами. Собственно, тех священников там уже не осталось, но была организация, был председатель этого Синода. Эту организацию власти Эстонии легализовали, и устав на регистрацию дали раньше нас, а нас не зарегистрировали: двух Православных Церквей быть не может.
Мы тогда лишились всего, потому что они оказались правопреемниками имущества нашей Церкви в Эстонии. До 2002 года жили без всякой регистрации: на наши церкви замки не повесели, не посмели, но в газетах нас ругали как угодно. И некоторые эстонские православные священники под давлением своей паствы ушли под юрисдикцию Константинопольского Патриархата. Думаю, мы недостаточно умело защищались, и на их резкости отвечали тоже резко, надо было бы иначе. Но в своих храмах мы служили, жизнь текла, верующие люди были, организовались некоммерческие общества при храмах, которые взяли на себя функции церковного совета, а их регистрировали, и мы за эти годы построили несколько храмов".