Спустя год после назначения чрезвычайного папского представителя при святилище Сан-Джованни-Ротондо Иоанн Павел II дал ему более строгие инструкции по управлению этой обителью, в которой подвизался один из самых почитаемых святых ХХ века Падре Пио.
В конце февраля понтифик направил архиепископу Доменико Умберто д'Амброзио письмо, в котором призвал его "прежде всего особенно бережно отнестись к этому месту молитвы, куда ежегодно приезжают паломники из столь многих стран". Папа также попросил прелата "оберегать дары, которые Святой Дух пробудил и продолжает пробуждать" в храме Сан-Джованни-Ротондо, а также "францисканскую и капуцинскую традиции молитвы и милосердия".
Архиепископ д'Амброзио был назначен специальным делегатом Папы при общине св. Падре Пио в марте 2003 года. Это назначение вызвало кризис в отношениях между Ватиканом и орденом капуцинов, который ранее управлял общиной Сан-Джованни-Ротондо. Ряд монахов заявили, что община существует в "атмосфере гонений", а некоторые даже обвинили Святой Престол в "хищении сокровищ" наследия св. Падре Пио.
Расположенное на юге Италии местечко Сан-Джованни-Ротондо - одно из самых посещаемых мест паломничества в мире. Сюда приезжают сотни тысяч почитателей Падре Пио - капуцинского монаха, почитаемого как чудотворца. Каждый год около восьми млн. паломников со всего мира останавливаются в прилегающей к церкви деревне, гостиницы которой вмещают до 6 500 постояльцев одновременно. Отели приносят около 500 млн. евро годового доходя в то время, как само святилище собирает около 100 млн. евро пожертвований каждый год. Сотрудниками общины являются около 3 000 человек.
Когда Папа Иоанн Павел II назначил своего представителя в Сан-Джованни-Ротондо, многие восприняли это как реакцию на сообщения о том, что капуцины плохо ведут финансовые дела общины. Однако судя по новому письму архиепископу д'Амброзио, понтифик также обеспокоен пастырской ситуацией в храме. Иоанн Павел II выразил озабоченность в связи с тем, что руководители капуцинов разрабатывают в Сан-Джованни-Ротондо собственные литургические традиции, не согласуя их с Церковью. Папа призвал своего делегата "привести пастырскую деятельность в храме в соответствие с другими пастырскими практиками в епархии".
Понтифик также направил письмо и капуцинским администраторам Сан-Джованни-Ротондо. В своем послании Иоанн Павел II призвал монахов "вырабатывать глубокую церковную сознательность" с тем, чтобы "жить с Церковью, для Церкви, в Церкви".
